Markus Müller erlernte das Fußballspielen beim ESV Zschorlau, wo er bis zum Jahr 2000 spielte. Der 1,89m große Stürmer spielte danach in der U19 und U23 des FC Erzgebirge in der Oberliga Nordost.
In der Rückrunde der Saison 2007/08 absolvierte Markus Müller seine ersten Spiele in der 2. Bundesliga, als er in den Partien gegen den 1. FC Kaiserslautern und bei Alemannia Aachen eingesetzt wurde. Außerdem wurde der gebürtige Eberswalder 2007/08 Torschützenkönig in der Landesliga Sachsen. Nachdem er für den FC Erzgebirge in der 3. Liga auch nur zu drei Kurzeinsätzen kam, wechselte er in der Winterpause 2008/09 zum Halleschen FC in die Regionalliga Nord und kam in 16 Rückrundenpartien auf 5 Tore.
Seit der Saison 2011/12 spielt der Linksfuß beim SV Babelsberg in der 3. Liga und kam auf insgesamt 67 Spiele und 16 Tore.
Geb. am: 22.05.1988 (25 Jahre) in Eberswalde
Position: Sturm – Mittelstürmer
Rückennummer: 13